一、歸集用途不同

在高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定時，歸集研發(fā)費(fèi)的目的在于計(jì)算研發(fā)費(fèi)占銷售收入的比例是否符合規(guī)定，這是申請時的一項(xiàng)必備條件;而加計(jì)扣除政策中，歸集研發(fā)費(fèi)是為了按其發(fā)生額的50%，在計(jì)算應(yīng)納稅所得稅時加計(jì)扣除。

二、歸集要求不同

高新技術(shù)企業(yè)的研發(fā)費(fèi)需在認(rèn)定或匯繳備案時報送《企業(yè)年度研究開發(fā)費(fèi)用結(jié)構(gòu)歸集表》等相關(guān)資料;而加計(jì)扣除的研發(fā)費(fèi)在享受加計(jì)扣除優(yōu)惠時需履行備案手續(xù)，填報《可加計(jì)扣除研究開發(fā)費(fèi)用情況歸集表》等相關(guān)資料。  

兩者雖為同一研發(fā)過程中發(fā)生的費(fèi)用，但八大項(xiàng)費(fèi)用的具體歸集口徑不同?？傮w來說，高新企業(yè)認(rèn)定研發(fā)費(fèi)的口徑大于加計(jì)扣除中研發(fā)費(fèi)的口徑，兩者之間的差異主要體現(xiàn)在： 
     (一)人員人工。加計(jì)扣除中人員人工只包括研發(fā)人員的工資、薪金、獎金、津貼、補(bǔ)貼，而高新認(rèn)定除上述內(nèi)容外，還將企業(yè)繳納的研發(fā)人員基本社會保險費(fèi)用、公積金補(bǔ)助費(fèi)、外聘研發(fā)人員的勞務(wù)費(fèi)用等與其任職或者受雇有關(guān)的其他支出也列入研發(fā)費(fèi)中。 
     (二)直接投入。加計(jì)扣除中的直接投入包括材料、燃料、動力費(fèi)用以及專門用于中間試驗(yàn)和產(chǎn)品試制的模具、工藝裝備開發(fā)制造費(fèi)。而高新認(rèn)定中除上述內(nèi)容外，還包括試制產(chǎn)品的檢驗(yàn)費(fèi)、用于研究開發(fā)活動的儀器設(shè)備的簡單維護(hù)費(fèi)等。 
     (三)折舊費(fèi)用和長期待攤費(fèi)用。加計(jì)扣除中該項(xiàng)只包括專門用于研發(fā)活動的儀器、設(shè)備的折舊費(fèi)或租賃費(fèi)。而高新認(rèn)定中還包括研發(fā)在用建筑物的折舊以及研發(fā)改建、修理中的長期待攤費(fèi)用。 
     (四)委托外部研究開發(fā)費(fèi)用。高新認(rèn)定規(guī)定的研發(fā)費(fèi)第七項(xiàng)為“委托外部研究開發(fā)費(fèi)用”，而加計(jì)扣除的規(guī)定中則沒有這一項(xiàng)。兩者對委托外部研究開發(fā)費(fèi)用的處理是不同的，前者要求委托外部研究開發(fā)費(fèi)用發(fā)生額的80%計(jì)入研發(fā)費(fèi)用總額。后者要求委托開發(fā)的研發(fā)項(xiàng)目，由委托方按照規(guī)定計(jì)入研發(fā)費(fèi)用，并無比例的要求，且在歸集時要求受托方提供相應(yīng)的費(fèi)用支出明細(xì)表。 
     (五)其他費(fèi)用。由于高新認(rèn)定時采取了不完全列舉的方法，而加計(jì)扣除則采取正列舉的方法，所以加計(jì)扣除政策中未列舉的項(xiàng)目，都不允許計(jì)入加計(jì)扣除的范圍。而高新認(rèn)定中的研發(fā)費(fèi)還包括為研究開發(fā)活動所發(fā)生的其他費(fèi)用，如辦公費(fèi)、通訊費(fèi)、專利申請維護(hù)費(fèi)、高新科技研發(fā)保險費(fèi)等。